A Corregedoria Geral é o órgão administrativo do Tribunal de Justiça Militar de São Paulo (art. 3º do RITJM). O cargo de Corregedor Geral é ocupado por um Desembargador Militar, eleito por seus pares integrantes do Tribunal Pleno, a cada dois anos, e tem suas competências jurisdicionais e administrativas definidas pelo Regimento Interno do TJMSP, observado o que dispõe a Lei Orgânica da Magistratura Nacional.

Compete ao Corregedor Geral exercer a corregedoria dos serviços judiciários de primeira instância; instaurar e presidir processos administrativos e sindicâncias contra servidores, aplicando as penas cabíveis por infração disciplinar, ressalvada a atribuição do Juiz Corregedor Permanente da respectiva Auditoria, exceto as de demissão, que serão propostas ao Presidente; proceder a correições gerais periódicas, visitando quaisquer das Auditorias, sempre que entender necessário ou por deliberação do Tribunal; receber e, se for o caso, processar as reclamações e instaurar sindicâncias contra juízes de direito do juízo militar, oficiando como instrutor e relator até o arquivamento ou a instauração definitiva de processo administrativo; orientar e superintender as atividades de primeira instância, baixando os atos necessários; designar, mediante escala, juiz de direito do juízo militar como responsável pelo plantão judiciário, para conhecer das prisões em flagrante, habeas corpus, pedidos de concessão de liberdade provisória, de busca domiciliar e apreensões, de decretação de prisão preventiva ou temporária e outras medidas urgentes de competência da primeira instância, em feriados, fins de semana e qualquer outro período de suspensão do expediente forense nas Auditorias da Justiça Militar; exercer outras atribuições decorrentes de lei e do Regimento (art. 13 do RITJM).