Em 1ª instância, a Justiça Militar Estadual de São Paulo conta atualmente com seis Auditorias Militares (equivalentes às Varas da Justiça Comum), subordinadas à Corregedoria-Geral da Justiça Militar, das quais três possuem competência criminal (1ª, 3ª e 4ª AMEs), duas possuem competência cível (2ª e 6ª AMEs), além da Auditoria de Distribuição de 1ª Instância, dos Serviços da Correição Permanente e das Execuções Criminais (5ª AME), todas sediadas, assim como o próprio TJMSP, na Rua Dr. Vila Nova, 285, Vila Buarque, São Paulo/SP. 

A 1ª Instância conta com oito juízes de direito do juízo militar, sendo seis titulares, uma juíza de direito substituta e um juiz de direito substituo. Esses juízes processam e julgam, singularmente, os crimes militares cometidos contra civis (com exceção dos dolosos contra a vida), e as ações judiciais contra atos disciplinares militares. Peculiaridade da Justiça Castrense, na 1ª Instância também são realizados julgamentos colegiados, igualmente com composição mista. 

Os Conselhos de Justiça, presididos pelo juiz de direito do juízo militar, processam e julgam os demais crimes militares. O Conselho Especial de Justiça será constituído pelo(a) juiz(a) de direito do juízo militar, que exercerá a sua presidência, e por quatro juízes militares com posto mais elevado que a(o) da(o) ré(u), e funcionará especificamente para cada processo e contará, no mínimo, com um oficial superior. O Conselho Permanente de Justiça será constituído pelo(a) juiz(a) de direito do juízo militar, que exercerá a sua presidência, por um oficial superior ocupante do posto de tenente coronel ou major e por três oficiais ocupantes dos postos de capitão ou 1º tenente, devendo ser garantida, sempre que possível, ao menos, um oficial do gênero feminino. Funcionará durante três meses consecutivos, coincidindo com os trimestres do ano civil. 

Assim como na 2ª Instância, nela atuam membros do Ministério Público do Estado de São Paulo, da Defensoria Pública do Estado de São Paulo, da Procuradoria-Geral do Estado de São Paulo e advogados particulares. A 1ª Instância é composta pela seguinte estrutura: 
   –    Magistrados
    –   Auditorias Criminais 
    –   Cartórios Criminais 
    –   Auditorias Cíveis 
    –   Cartório Cível 
    –   5ª Auditoria Militar Estadual (AME) 
    –  Juiz das Garantias
    –   Coordenadoria das Execuções Criminais 
    –   Coordenadoria de Distribuição e dos Serviços de Correição Permanente