A Escola Judiciária Militar do Estado de São Paulo é composta por seu Diretor, eleito a cada biênio dentre os sete desembargadores militares que compõem o Tribunal; um Coordenador e um Escrevente-Técnico Judiciário. A Biblioteca, tendo em sua equipe uma Bibliotecária e um Escrevente-Técnico Judiciário, e o Espaço Memória também integram a estrutura da Escola.